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Para baixar um relatório de Notas Fiscais emitidas (i.e. NFs de saída), o mais recomendado é fazê-lo diretamente no site de sua prefeitura pois é lá que fica o REGISTRO OFICIAL de NFs para, por exemplo, cálculo de ISS devido.
O REGISTRO OFICIAL pode diferir do que está no AgileMS caso, por exemplo, exista emissão de NF por fora do AgileMS (i.e. direto no site da prefeitura ou por outra ferramenta). Para mais informações, leia o artigo Nota Fiscal – Não aparece no AgileMS mas está na prefeitura.